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Estimation of genetic distance among genotypes of caraway (Carum carvi L.) using RAPD-PCR Agronomy
Seidler-Łożykowska, Katarzyna; Institute of Natural Fibres and Medicinal Plants; Kuczyńska, Anetta; Polish Academy of Sciences; Mikołajczyk, Katarzyna; Plant Breeding and Acclimatization Institute; Nowakowska, Joanna; Plant Breeding and Acclimatization Institute; Bocianowski, Jan; Poznań University of Life Sciences.
In order to estimate genetic diversity among starting materials and breeding strains of caraway, a collection of 17 accessions from botanical gardens in Europe, two cultivars ‘Rekord’ and ‘Kończewicki’, and four own breeding strains were analyzed by RAPD-PCR. The representative samples, each of five individual plants of accession, cultivar or strain, were taken from young rosette leaves. Forty of Genset Oligos RAPD primers were used for analysis and eight of them produced clear and reproducible banding patterns. In total, 62 banding patterns were obtained revealing 23 polymorphic bands, whereas the number of polymorphic bands ranged from two to four for one primer. The GS12 and GS43 primers generated two polymorphic bands, while each of the GS8, GS21,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Carum carvi L.; Genetic distance; Genotype; RAPD.
Ano: 2014 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAgron/article/view/18197
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Estimativa da variabilidade genética em linhagens de tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus) com a técnica de RAPD - DOI: 10.4025/actascianimsci.v27i1.1236 Animal Sciences
Povh, Jayme Aparecido; UEM; Moreira, Héden Luiz Marque; Universidade Federal de Pelotas; Ribeiro, Ricardo Pereira; UEM; Prioli, Alberto José; UEM; Vargas, Lauro; UEM; Blanck, Danielly Veloso; UEM; Gasparino, Eliane; UEM; Streit Jr, Danilo Pedro; UEM.
A variabilidade genética é essencial para que se possa obter melhoramento genético e, portanto, é de grande importância a sua estimação. Desta forma, o objetivo do presente experimento foi estimar, pela técnica Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), a divergência e a variabilidade genética nas linhagens de tilápias do Nilo (Oreochromis niloticus) Bouaké e Chitralada em duas gerações de reprodutores do rio Nilo. Foram utilizados 20 animais de cada linhagem. A matriz de coeficientes de similaridade de Jaccard entre indivíduos foi utilizada para a construção de um dendrograma e para a determinação, com o teste de Mantel, da divergência genética entre linhagens. A variabilidade genética foi estimada pelo índice de Shannon e pela porcentagem de loci...
Palavras-chave: 5.05.04.00-2 Reprodução Animal divergência genética; Melhoramento genético; Oreochromis niloticus; RAPD; Polimorfismo; Variabilidade genética 5.05.04.00-2 Reprodução Animal.
Ano: 2005 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAnimSci/article/view/1236
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Estrutura genética e sistema de acasalamento de Piper hispidinervum PAB
Wadt,Lúcia Helena de Oliveira; Kageyama,Paulo Yoshio.
A pimenta-longa (Piper hispidinervum C. DC.) arbusto encontrado em áreas antropizadas no Estado do Acre, possui expressiva importância econômica decorrente da presença de safrol em seu óleo essencial. O objetivo deste trabalho foi avaliar a estrutura genética e o sistema de acasalamento dessa espécie, utilizando marcadores RAPD (polimorfismo de DNA amplificado ao acaso). A diversidade genética entre e dentro de populações naturais foi avaliada em 13 populações do Vale do Rio Acre, distribuídas nas Regiões do Baixo e Alto Acre. A taxa preferencial de cruzamento foi estimada em 25 famílias de polinização livre de uma população do Município de Assis Brasil, Acre. A espécie apresentou diversidade genética estruturada no espaço segundo um padrão de isolamento...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Pimenta; RAPD; Variação genética; Cruzamento.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2004000200008
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Estrutura genética em populações naturais de Tibouchina papyrus (pau-papel) em áreas de campo rupestre no cerrado Rev. Bras. Bot.
Telles,Mariana Pires de Campos; Silva,Sandra Pereira da; Ramos,Juliana Rosa; Soares,Thannya Nascimento; Melo,Dayane Borges; Resende,Lucileide Vilela; Batista,Eliane cotrim; Vasconcellos,Breno de Faria.
O presente trabalho teve como objetivo utilizar marcadores RAPD para conhecer a variabilidade genética de populações de Tibouchina papyrus (Pohl) Toledo, provenientes da região de Serra Dourada e Serra dos Pirineus, no Estado de Goiás. Os seis iniciadores RAPD produziram um total de 147 locos, variando entre 23 e 26 por iniciador. A avaliação hierárquica da estruturação da variabilidade genética, realizada pela a AMOVA, considerando a existência de duas regiões (Serra dos Pirineus e Serra Dourada) apresentou uma estimativa de F ST = 0,3439. O valor do componente entre regiões (F CT) foi igual a 18,96% e a variação entre populações dentro de regiões igual a 15,43%. As estimativas de fluxo gênico sugerem a existência de uma baixa proporção de migrantes entre...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Cerrado; RAPD; Tibouchina papyrus; Variabilidade genética.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-84042010000200010
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Estudo da variabilidade genética e escurecimento epidérmico em caqui 'Fuyu' (Diospyrus kaki) após armazenamento refrigerado Rev. Bras. Frutic.
Gonçalves,Emerson Dias; Trevisan,Renato; Silva,Jorge Adolfo; Rombaldi,Cesar Valmor.
O presente trabalho teve o objetivo de avaliar a ocorrência de escurecimento epidérmico no caqui cv. Fuyu e sua relação com variabilidade genética. O experimento foi realizado com folhas e frutas obtidas de cinco pomares comerciais, sendo quatro deles situados na região serrana do Rio Grande do Sul e um na região de Pelotas. A escolha dos pomares foi baseada na idade das plantas, entre cinco e oito anos, e ocorrência do escurecimento epidérmico das frutas. As plantas foram escolhidas ao acaso em cada pomar. Para avaliação de variabilidade genética, foi utilizada a técnica de RAPD. As frutas foram avaliadas quanto ao grau de escurecimento, após três meses de armazenamento. Para avaliar o escurecimento, foi usada uma escala de 0 a 5. Todos os locais...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RAPD; Armazenamento; Qualidade.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452004000300045
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Estudo de oito espécies da familia Anostomidae (Pisces, Characiformes) através da análise de RAPD Biological Sciences
Chiari, Lucimara; UEL; Sodré, Leda Maria Koelblinger; UEL.
A técnica de Polimorfismo de DNA Amplificado ao Acaso (RAPD) foi utilizada na análise de oito espécies de peixe da família Anostomidae, com a finalidade de quantificar a variabilidade genética e estimar a similaridade genética dentro e entre essas espécies. Os resultados foram comparados com dados obtidos anteriormente com isoenzimas, para a maioria das espécies analisadas. A proporção de locos polimórficos obtida, com dez primers, está acima de 40 %, exceto para Leporinus amblyhynchus. Esse é um fato importante desde que a existência de variabilidade genética é uma condição importante para a sobrevida das espécies no meio ambiente Com dendrograma obtido, através de análise comparativa, foi possível discriminar as duas espécies de Schizodon daquelas do...
Palavras-chave: 2.00.00.00-6 Ciências Biológicas DNA; Polimorfismo; Variabilidade genética; RAPD; Anostomidae; Peixe 2.00.00.00-6 Ciências Biológicas.
Ano: 2001 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciBiolSci/article/view/2699
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Evaluation of different DNA-based fingerprinting methods for typing Photobacterium damselae ssp. piscicida Biol. Res.
MANCUSO,MONIQUE; AVENDAÑO-HERRERA,RUBÉN; ZACCONE,R; TORANZO,ALICIA E; MAGARIÑOS,BEATRIZ.
This study evaluates the effectiveness of three different molecular techniques, repetitive extragenic palindromic PCR (REP-PCR), enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence PCR (ERIC-PCR) and the random amplified polymorphic DNA (RAPD-PCR) for rapid typing of Photobacterium damselae ssp. piscicida strains isolated from different species of marine fish and geographic areas. The results obtained by the three methods showed that RAPD and ERIC-PCR were more discriminative for suitable rapid typing of Ph. damselae ssp. piscicida than REP-PCR. The analysis of DNA banding patterns generated by both molecular methods (RAPD and ERIC-PCR) clearly separated the strains into two main groups that strongly correlated with their geographic origin. Moreover,...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Photobacterium damselae ssp; Piscicida; RAPD; ERIC-PCR; REP-PCR.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602007000100009
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Evaluation of Genetic Diversity amongthe Pakistani Wheat (Triticumaestivum L.) Lines through Random Molecular Markers BABT
Zeshan,Ali; Afzal,Muhammad; Alghamdi,Salem S.; Kettener,Karien; Ali,Mubashar; Mubushar,Muhammad; Ahmad,Shakeel.
ABSTRACT The presence of geneticdiversity is of great importance in improving wheat traits and developing strategies for optimal conservation of germplasm. Genetic diversity was assessed among common wheat cultivars using RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) markers at the Center of Agriculture, Biochemistry and Biotechnology (CABB), University of Agriculture, Faisalabad. RAPD primers were used among 14 Pakistani wheat cultivars, to screen the progenies and for the identification of the genes of interest. The polymorphic information content (PIC), was measured as the percentage of polymorphic fragments for all primers. A total of 583 bands(84% polymorphic) in all 14 wheat cultivars was amplified and discriminated all the wheat genotypes. The number of...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Wheat; RAPD; Genetic diversity; PCoA; Cluster analysis.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132016000100432
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Expressão protéica diferencial entre plântulas apomíticas e zigóticas de citros Rev. Bras. Frutic.
Silva,Cristina Lacerda Soares Petrarolha; Machado,Marcos Antônio; Lemos,Eliana Gertrudes Macedo.
Existem evidências do envolvimento de um ou poucos genes controlando o processo apomítico em citros; entretanto, a identidade destes genes, seus produtos e suas formas de atuação ainda não foram elucidados. Sendo as proteínas o produto final da expressão gênica, o processo apomítico pode ser investigado através do estudo da expressão protéica. A técnica da eletroforese bidimensional de proteínas foi empregada nesta pesquisa, objetivando a comparação de perfis protéicos de plântulas apomíticas e zigóticas de citros obtidas a partir de cruzamento entre Citrus sinensis L. Osb. cv. Pêra e Poncirus trifoliata cv. Rubidoux. Observou-se, nestes perfis bidimensionais, a ocorrência de três classes de proteínas: a primeira presente em ambos os perfis, a segunda...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Apomixia; Citros; Proteína; Eletroforese bidimensional; RAPD.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452004000100003
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Fingerprinting analysis of mango (Mangifera indica L.) cultivars introduced or developed in Brazil using RAPD markers. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; CORDEIRO, M. C. R.; PINTO, A. C. Q.; ROSSETTO, C. J.; BELLON, G.; ANDRSDE, S. R. M.; FRAGA, L. M. S.; SOUZA, T. L. P. O..
bitstream/CPAC-2009/24955/1/p2004_08.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: RAPD; Melhoramento genetico; Brasil; Mango.; Biotecnologia; Marcador Genético; Marcador Molecular.; Manga; Mangifera Indica; Brazil; Biotechnology; Genetic markers; Plant breeding..
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/566520
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Fish passage ladders from Canoas Complex - Paranapanema River: evaluation of genetic structure maintenance of Salminus brasiliensis (Teleostei: Characiformes) Neotropical Ichthyology
Lopes,Carla Martins; Almeida,Fernanda Simões de; Orsi,Mário Luís; Britto,Sandro Geraldo de Castro; Sirol,Rodolfo Nardez; Sodré,Leda Maria Koelblinger.
The aim of this study, utilizing RAPD techniques, was to determine the genetic variability of Salminus brasiliensis groups collected at passage ladders of the hydroelectric plants (HEP) Canoas I and Canoas II - Paranapanema River (Brazil), as well as to estimate the population structure through different parameters of genetic diversity. The data obtained allowed us to conclude that S. brasiliensis of the Canoas Complex has a moderate index of genetic variability ( > 42.00%) when compared to that of other migratory fish species. All genetic diversity analyses (distance = 0.015 and genetic identity = 0.985, F ST =0.018, AMOVA) were signs of low genetic differentiation, and they led to the clustering of S. brasiliensis from Canoas I and Canoas II. This...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Fish transposition; Geneticdiversity; RAPD.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252007000200006
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Fusarium verticillioides strains isolated from corn feed: characterization by fumonisin production and RAPD fingerprinting BABT
Ono,Elisabete Yurie Sataque; Fungaro,Maria Helena Pelegrinelli; Sofia,Silvia Helena; Miguel,Tatiana de Ávila; Sugiura,Yoshitsugu; Hirooka,Elisa Yoko.
In this study a total of 16 Fusarium verticillioides strains isolated from corn feed samples were characterized by fumonisin (FB) production and random amplified polymorphic DNA (RAPD). All the strains produced FB1 and FB2 with levels ranging from 2.41 to 3996.36 µg/g, and from 1.18 to 1209.91 µg/g, respectively. From the 16 F. verticillioides strains, four were identified as low (3.59 to 1289.84 µg/g), eight as intermediate (>1289.84 to 3772.44 µg/g) and four strains as high (>3772.44 µg/g) fumonisin producers. From the total of 105 loci amplified, 60 (57.14%) were polymorphic. RAPD analysis showed very similar patterns among low, moderate and high fumonisin-producing strains. Although RAPD markers were capable of discriminating the different F....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Fumonisin; Fusarium verticillioides; Genetic variability; RAPD.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132010000400026
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Genetic analysis of species in the Genus Catasetum (ORCHIDACEAE) using RAPD Markers BABT
Oliveira,Luciana do Valle Rego; Faria,Ricardo Tadeu de; Ruas,Claudete de Fátima; Ruas,Paulo Maurício; Santos,Melissa de Oliveira; Carvalho,Valdemar P..
In this work, RAPD molecular markers were used to access the genetic variability and to study the inter and intraespecifc relationship in a group of 37 species, including 56 individuals. A total of 15 RAPD primers were selected for DNA amplification. From a total of 221 bands analyzed, 209 (95%) were polymorphics. The level of interespecifc genetic similarity ranged from 37% between Catasetum complanatum and Catasetum laminatum to 83% between Catasetum triodon and Catasetum uncatum. The intraspecifc genetic similarity varied 88% for the individuals of Catasetum triodon to 93% between the individuals of Catasetum atratum and Catasetum macrocarpum. These results would contribute to understand the genetic relationship in Catasetum, to define the strategies to...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Catasetum; Molecular marker; Orchid; RAPD; Genetic similarity.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132010000200017
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Genetic and epigenetic effects of salinity on in vitro growth of barley Genet. Mol. Biol.
Demirkiran,Aykut; Marakli,Sevgi; Temel,Aslihan; Gozukirmizi,Nermin.
Morphological, physiological and molecular changes were investigated in in vitro salt-stressed barley (Hordeum vulgare L. cv. Tokak). Mature embryos were cultured in Murashige and Skoog medium containing 0 (control), 50 and 100 mM NaCl for 20 days. Both concentrations inhibited shoot growth, decreased fresh weight and protein content, and increased SOD (EC 1.15.1.1) activity in a dose-dependent manner. The lower concentration increased root growth. Salinity caused nucleotide variations in roots, but did not affect shoot DNAs. The higher concentration caused methylation changes, mainly hypermethylation in shoots. This is the first study on genetic and epigenetic effects of salinity in barley.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Hordeum vulgare; Salt stress; Tissue culture; RAPD; CRED-RA.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572013000400016
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Genetic and metabolic diversity of pink-pigmented facultative methylotrophs in phyllosphere of tropical plants BJM
Balachandar,D.; Raja,P.; Sundaram,SP..
Diversity of Pink-Pigmented Facultative Methylotrophs (PPFMs) in phyllosphere of cotton, maize and sunflower was determined based on differential carbon-substrate utilization profile and Random Amplified Polymorphic DNA data. Results indicate that six diversified groups of PPFMs are found in these crops. Sunflower and maize phyllosphere harbor four different groups of methylobacteria while cotton has only two groups.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Diversity; Methylobacterium; Phyllosphere; PPFM; RAPD.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822008000100017
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Genetic and resistance stability to Black Sigatoka disease during micropopagation of Musa CIEN BTA-03 somaclonal variant Phyton
Giménez,C; de García,E; Haddad,O.
Evaluation of clonal micropropagation and phenotype stability of elite somaclones are critical steps for development of new varieties. In the present work somaclon variant CIEN BTA-03 (resistant to Black Sigatoka), obtained through in vitro process from cultivar Williams (susceptible to Black Sigatoka), was micropropagated via apical shoot culture for five multiplication cycles in 0.5 mg/l of benzyl-aminopurine (BA). To verify the genetic stability of the progeny of this elite material, random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were used. A total of 5,292 monomorphic bands were obtained from the amplification of fifty six DNA samples (extracted from vitroplants randomly selected) with 10 different primer combinations. Non-polymorphic RAPD bands were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Micropropagation; Genetic stability; RAPD; Disease resistance; Youngest leaf spotted (YLS).
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1851-56572008000100006
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Genetic characterization of isolates of the basidiomycete Agaricus blazei by RAPD BJM
Colauto,Nelson Barros; Dias,Eustáquio Souza; Gimenes,Marcos Aparecido; Eira,Augusto Ferreira da.
The genetic divergence of five isolates of Agaricus blazei was determined based on RAPD data. Results indicate that there is little genetic variability among the commercialized strains and that RAPD is a feasible and low cost technique that can be used to characterize this fungus.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Agaricus blazei; Basidiomycete; Genetic diversity; Mushroom; RAPD.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822002000200006
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Genetic characterization of Xylella fastidiosa isolated from citrus and coffee plants Scientia Agricola
Miranda,Vicente Savonitti; Farias,Paulo Roberto Silva; Roberto,Sérgio Rufo; Lacava,Pedro Magalhães.
The Citrus Variegated Chlorosis and the Coffee Leaf Scorch are some of the many destructive diseases caused by Xylella fastidiosa, a gram-negative bacterium limited to the xylem of affected plants. As its genetic characterization is still not well established, different isolates of X. fastidiosa from citrus and coffee were evaluated through RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) technique to characterize and classify these isolates based on similarity coefficients. Sixteen isolates of X. fastidiosa were used on this trial, obtained from citrus, coffee and almond. The genetic polymorphism evaluation was performed using six arbitrary 10-base primer pairs. It was possible to establish a dendogram in which the isolates were classified into five groups (A, B,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report Palavras-chave: RAPD; Gram-negative bacterium; Genetic divergence.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162007000500005
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Genetic differentiation among Brazilian populations of Euschistus heros (Fabricius) (Heteroptera: Pentatomidae) based on RAPD analysis Neotropical Entomology
Sosa-Gomez,Daniel R.; Delpin,Katiaíres E.; Almeida,Alvaro M.R.; Hirose,Edson.
The Neotropical Brown Stink Bug (NBSB), Euschistus heros (Fabricius), has a wide distribution in Brazilian soybean fields, being more important in the central region of the country. The species is the main target of insecticide applications for stink bug pest control. We determined the variability among and within populations of the NBSB by random amplification of polymorphic DNA (RAPD) analysis. Samples of NBSB were collected in soybean fields from Ubiratã (PR), Londrina (PR), Centenário do Sul (PR), Cândido Mota (SP), Ponta Porã (MS) and Sapezal (MT). Genomic DNA was extracted from the head to minimize DNA contamination by endoparasites. DNA was amplified with 10 mer primers. Fifteen primers produced 246 bands. The genetic similarity matrix was obtained,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RAPD; Molecular marker; Genetic structure; Gene flow.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2004000200009
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Genetic divergence among hybrids of 'Cravo' mandarin with 'Pêra' sweet orange Scientia Agricola
Oliveira,Roberto Pedroso de; Aguilar-Vildoso,Carlos Ivan; Machado,Marcos Antônio.
Molecular markers have been used as tools in breading programs of sexual hybridation, allowing the genetic characterization of a large number of genotypes. The RADP markers are the most used since the employed techniques are simple and of low cost. To evaluate the genetic divergence among F1 hybrids of 'Cravo' mandarin (Citrus reticulata Blanco) and 'Pêra' sweet orange (C. sinensis (L.) Osbeck), this study analyses the variability and similarity of the hybrids among themselves and with their parents. Random Amplified Polimorfic DNA marker analysis, with 102 primers, were applied to a population composed of 94 hybrids and their parents. Multivariate genetic divergence analysis of the principal components and Tocher grouping were carried out only considering...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Citrus reticulata; Citrus sinensis; Tocher grouping; RAPD; Citrus.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162003000100017
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